سازمان محیط زیست نیز در تعامل نزدیک با وزارت خارجه، بر پیگیری حقابه‌های زیست‌محیطی تأکید دارد و در جلسات و مذاکرات مرتبط، نقش حمایتی ایفا می‌کند. نمونه‌هایی از این تلاش‌ها شامل مذاکرات با ترکیه و افغانستان درباره سدسازی‌های تأثیرگذار، مانند پروژه سد بخش‌آباد در افغانستان است که همکاری‌های مشترک دو نهاد برای حفظ منافع آبی کشور ادامه دارد.

تعیین تکلیف این مسائل، به توافقات و نتایج دیپلماسی‌های وزارت خارجه وابسته است. اما همکاری تنگاتنگ میان نهادهای مرتبط نشان از عزم جدی برای صیانت از حقوق آبی و زیست‌محیطی ایران دارد.