در این جلسه برخی از اعضای شورای شهر تهران انتقادهای تندی به عملکرد این سازمان مطرح کردند . ناصرامانی عضو شورای شهر تهران با بیان اینکه مشکلات موجود در این سازمان آشفتگی‌های زیادی ایجاد کرده است، گفت: مایه تأسف است که یکی از سازمان‌های اصلی فناوری اطلاعات کشور به این حال و روز افتاده و این مورد اعتراض جدی ماست. من در اعتراض به این وضعیت قطعا به بندهای تکلیفی سازمان رأی نخواهم داد.

  مهدی چمران، رئیس شورا هم گفته که پس از حمله هکری، این سازمان دچار کمی آشفتگی شده و هنوز سازمان فاوا با مشکلاتی در زمینه در چالش است. گاهی برای حل مشکلات مجبوریم مدت‌ها منتظر اقدام فاوا بمانیم که این امر سبب شده در برخی موارد بدون ورود فاوا کارها انجام شود، چرا که اگر بخواهیم منتظر فاوا بمانیم؛ دوره تمام شده و برنامه‌ها عملیاتی نمی‌شود. جایگزینی متعدد مدیرعامل‌ها و روی کار آمدن افراد متعدد در ایجاد این مشکل بی‌تأثیر نبوده است.

علی اصغر قائمی عضو کمیسیون عمران و حمل و نقل شورا هم معتقد بود:‌ واقعیت این است که مدیرعامل سازمان فاوا مسلوب الاختیار است و دیگران در این سازمان تصمیم‌گیری می‌کنند و دست مدیرعامل بسته است و ریشه آن به تصمیم‌گیری‌های کلان برمی‌گردد.

ناصرامانی و علی اصغر قائمی در حاشیه شورای شهر تهران درخصوص مشکلات این سازمان گفت‌وگو کرده‌اند. ناصرامانی معتقد است که ۳ سال از عمر مدیریت شهری گذشته اما در حوزه هوشمندسازی عقب‌گرد کرده‌ایم .

قائمی هم تاکید داشت برخی از دخالت‌ها باعث سردرگمی مدیریتی در این سازمان شده است .