اخذ عوارض «حق پرچم» که معادل ۱۰ درصد کرایه حمل‌ کالا است را می‌توان یکی از مشکلات فعالان بخش خصوصی دانست. مشکلی که در سال‌های گذشته و با اعمال محدودیت‌های بین‌المللی گریبان این بخش را گرفته بود، اما چندی است که اخذ این عوارض تنها مشمول حمل نمی‌شود و کالاهای ثبت‌ سفارش شده هم با این مشکل مواجه شده‌اند.

 براین‌اساس در حال حاضر واردکنندگان حق پرچم را برای کالای حمل نشده نیز پرداخت می‌کنند، اقدامی که فعالان این بخش آن را مغایر قانون می دانند.