در آغاز دولت سیدمحمد خاتمی و هم‌زمان با اجرای برنامه دوم توسعه، رویکرد اولیه دولت بر کنترل پیامدهای اجتماعی اصلاحات اقتصادی متمرکز بود. در همین راستا، جمعی حدود ۳۰ نفره از کارشناسان و اقتصاددانان تشکیل شد تا برنامه‌ای با هدف کاهش تبعات اجتماعی سیاست‌های اقتصادی تدوین کنند.

حاصل این جلسات سندی تحت عنوان «طرح ساماندهی اقتصادی» بود که پس از ارائه به رهبری نیز مورد تأیید قرار گرفت و قرار بود مبنای تدوین برنامه سوم توسعه باشد. این طرح در واقع نوعی ترمز و تعدیل‌کننده برای حرکت شتابان به سوی اقتصاد بازار آزاد محسوب می‌شد تا آثار اجتماعی آن مدیریت شود.

با این حال، این جهت‌گیری در تدوین نهایی برنامه سوم محقق نشد و برنامه سوم با رویکردی کاملاً شفاف و مستقیم به سمت اقتصاد بازار حرکت کرد. در مسیر اجرا و هم‌زمانی با مجلس، خلأها و کاستی‌های ساختاری این برنامه از جمله در حوزه خصوصی‌سازی، از طریق تبصره‌ها و احکام قوانین بودجه سنواتی (مانند تبصره‌های اواخر دهه ۷۰ و اوایل دهه ۸۰) تقویت و تکمیل شد.