با این حال، قیمت بورس کالا در سال‌های مختلف اختلاف قابل توجهی با قیمت‌های پرداختی سازمان خدمات کشاورزی داشته و این اختلاف به طور مداوم افزایش یافته است. به ویژه، با افزایش قیمت دلار، این اختلاف به حدود ۲ میلیارد دلار رسیده است. برخی از شرکت‌های پتروشیمی در سال‌های اخیر شکایت کرده و مطالباتشان توسط سازمان برنامه تایید شده است، اما هنوز در پی وصول این مطالبات هستند.

شرکت‌های پتروشیمی به دنبال تهاتر مطالبات خود با گاز دریافتی از دولت هستند، اما دولت از پرداخت این مطالبات خودداری می‌کند. در نتیجه، شرکت‌های اوره‌ای با مشکلات نقدینگی مواجه شده‌اند و خواسته‌های فعلی آن‌ها شامل تسویه مطالبات از طریق دارایی‌ها یا اوراق و همچنین تغییر قیمت‌ها به قیمت بورس کالا است تا رانت‌های موجود از بین برود. قیمت‌های تضمینی نهاده‌های کشاورزی نیز بالاتر از قیمت‌های جهانی است که این مسئله نیز به چالش‌های موجود دامن می‌زند.

نسخه کامل در سایت