وی موضع ایران در مقابل سوریه را اینگونه شرح  داد: موضع اصولی ما کاملا مشخص است. حفظ حاکمیت و یکپارچگی سوری و تصمیم گیری در مورد آینده سوریه توسط سوری‌ها بدون مداخله مخرب خارجی. 

بقایی ادامه داد: این یک اصلی است که فکر می‌کنم در سطح منطقه و در سطح بین المللی در مورد آن اجماع است. مهم این هست که طرف‌های مختلف ذی مدخل در سوریه به این اصل که یک اصل اجماعی است و همه در مورد آن در کلام اتفاق نظر دارند، در عمل هم نسبت به آن پایبند باشند.